组织队伍的核心在于合理分配舰船类型与指挥值。每支舰队最多可容纳300指挥值的舰船，升级至九级基地后可提升至400指挥值。舰船位置分为前排、中排和后排，敌方会优先攻击前排战舰。需舰船位置由蓝图中的定位决定，无法手动调整。创建舰队时应为其命名，这不仅便于管理，还能在PVP中迷惑对手，例如将主力舰队命名为炮灰舰队以误导敌方判断。
资源采集与工程船配置是队伍组建的基础。初期应优先建造大型工程船以提高采集效率，同时避免过度投入战斗舰船导致资源短缺。金属、晶体和重氢是主要资源类型，初期金属和晶体需求较高，中后期重氢消耗增加。资源采集需通过工程船在特定资源点进行，每个资源点仅允许一艘工程船作业。资源点的总储量可通过界面查看，合理规划采集路线能显著提升效率。
战斗舰船的搭配需兼顾防御与输出能力。主力舰队通常由巡洋舰、战列巡洋舰或航空母舰组成，辅以支援型舰船保护核心单位。前排应部署防御型舰船如奇美拉巡洋舰或ST59级战列巡洋舰，中后排则配置高输出单位如卡利斯托巡洋舰或光锥级防空舰。针对敌方舰载机较多的场景，需额外编入防空型舰船。高速舰队可专用于拆除敌方前哨站或采矿平台，需选用诺玛M470等攻城型舰船并搭配快速护卫舰。
组织天赋的部署对队伍整体实力有显著影响。攻击、防御、资源采集等天赋类型需根据当前游戏阶段动态调整。优先升级关键天赋如资源采集或舰队攻击力，同时保持各类型天赋的平衡发展。在联盟作战中，成员间的天赋互补能提升整体效率，例如部分成员专注资源采集，其他成员强化战斗能力。实时调整天赋策略可应对突发战况，例如在攻城战中临时提升防御天赋以降低战损。
攻城战是检验队伍协作能力的终极挑战。攻打五级城市需集结多支舰队，由高等级玩家担任集结点指挥官。主力舰队负责攻击主城与高等级防卫队，需配备大量装甲护卫舰保护核心舰船；护卫舰队则清理低等级防卫队，以造价较低的驱逐舰和护卫舰为主。攻城前需协调舰队行进速度，避免因速度差异导致战术执行滞后。占领城市后需及时重建防卫舰队并驻扎玩家舰队，以巩固控制区域。
