完成一周目剧情后，丰缘地区的二周目内容将围绕神兽捕捉、对战设施挑战以及隐藏任务展开。首先需要前往未白镇与博士对话，若图鉴收集超过60种宝可梦，可获得全国图鉴升级。随后在冬雪镇左侧的流星瀑布进入二层洞口，触发与小绿、小赤的对战事件，这是开启二周目剧情的关键节点。对战开拓区是二周目的核心区域，包含七种不同规则的对战设施，通关后可获得金象徽并解锁隐藏要素。
二周目的神兽捕捉流程较为复杂，需按特定顺序触发。在通关四天王后，拉帝欧斯或拉帝亚斯会随机出现在丰缘地区地图中，具体种类取决于玩家与母亲的对话选择。前往水静市灯塔附近的水手处获取船票，乘船至南方小岛可捕捉另一只未选择的传说宝可梦。天空之柱顶层的裂空座需要先完成流星瀑布剧情，在解决陨石危机后才会现身，该场景的攀爬路线设计具有挑战性。
隐藏任务方面，古辰遗迹的探索需要与梅兹博士多次互动，通过击败熔岩队夺回古辰宝珠才能开启石门，内部水池栖息着古空棘鱼。石之洞窟的化石支线需协助研究员获取爪之化石或根状化石，完成后可兑换贵重道具。凯那市的食物失窃事件涉及吼鲸王捕捉任务，需调查多个NPC的证言并进入下水道战斗，该任务对探索次数有严格要求。
对战设施的策略重点在于队伍配置与属性克制。对战工厂采用租赁精灵机制，建议优先选择拥有控场技能的宝可梦；对战巨蛋允许查看对手阵容，可针对性调整出战顺序；对战塔的双打模式需注意技能范围配合，推荐使用天气队或空间队战术。所有设施通关后，亚希达会赠送用于解锁幻之宝可梦的特殊道具。
交通系统在二周目发挥重要作用，利用飞空术可快速往返关键地点。热焰小径与寒冰小径分别隐藏着火系与冰系传说宝可梦，需携带怪力术才能进入深处。海底遗迹的雷吉奇卡斯捕捉任务需先集齐三神柱，通过调整神秘钥匙的连接位置才能进入不同区域。这些隐藏地点往往需要结合冲浪、潜水等秘传技能才能到达。
资源管理是后期游玩的关键，星星碎片、金色珍珠等贵重道具可通过支线任务大量获取。战斗边疆的点数兑换系统提供稀有技能机器与特性胶囊，建议优先兑换对战术体系有提升的物品。宝可梦的个体值培养与性格修正可在对战度假区完成，该区域还提供特定环境的训练场地。
