建立高效的舰队组织是游戏核心玩法之一。舰队编组的核心在于合理分配舰船类型与指挥值，每支舰队最多可容纳300指挥值的舰船，升级基地后可提升至400。舰船位置分为前排、中排和后排，敌方会优先攻击前排舰船，因此需根据舰船定位（如护卫舰、驱逐舰、巡洋舰等）合理配置。创建舰队时建议自定义命名以便识别和管理，同时可通过增援指令额外加入5艘舰船以突破指挥值限制，但需注意增援后舰队将转为普通航行模式。
舰队编组需考虑舰船功能搭配与移动速度协调。主力舰队通常以前排高防御或高输出舰船为核心，搭配中后排火力支援舰，形成攻防兼备的阵容。移动速度由舰队中最慢的舰船决定，因此高速舰与低速舰混编可能影响战术机动性。增援功能可临时补充高人口舰船（如战列巡洋舰或航母），但需避免因速度差异导致战术脱节。编组完成后可通过蓝图界面调整技术值加点，针对性强化舰船属性以适应不同作战需求。
舰队组织还需注重资源采集与任务执行的平衡。工程船应独立编组以最大化采集效率，前期可搭配运输舰提升仓储容量。战斗舰队则需根据任务类型调整配置，例如针对海盗清剿任务需侧重火力，而资源运输任务则优先考虑仓储与航速。委托任务中的货物搬运、救援等类型各有难点，需根据舰队实力选择适配任务以避免资源浪费。采矿平台可节省计划圈并提升采集效率，但需注意同盟内共享矿区可能引发的竞争。
参与攻城时需协调成员集中火力，优先消灭城市守卫舰队再攻击城防本体。星系态势任务要求全星系玩家协作完成阶段目标，如拉格朗日之门建设。舰队在太空战中可通过伏击或封锁交通要道形成战术优势，大规模战斗会生成禁飞区域。建议加入活跃同盟以获取资源支援与战术指导，尤其在攻城阶段需避免分兵导致的策略值不足问题。
高速拆家队可由高攻城属性舰船组成，用于骚扰敌方后方设施。防空舰船应针对敌方航母编队配置，而维修船在后期作用有限，可替换为输出舰船提升杀伤效率。舰队移动路径需隐蔽，撤退时建议用工程局快速返回基地以防被追踪。通过持续优化编组策略与同盟协作，玩家能逐步掌握从资源采集到星际战争的完整舰队运营体系。
