初始精灵的选择直接影响前期游戏体验和队伍构建。游戏开始时玩家需从妙蛙种子、小火龙和杰尼龟三只宝可梦中任选一只，三者分别对应草、火、水属性，且最终进化形态的种族值和技能池差异显著。妙蛙种子最终进化为妙蛙花，兼具草与毒属性，擅长消耗战与异常状态干扰；小火龙进化为喷火龙后获得火与飞行属性，高特攻与速度使其成为速攻手；杰尼龟最终形态水箭龟以高防御与水系技能见长，适合稳健推进。属性克制关系需注意：妙蛙种子克制杰尼龟，杰尼龟克制小火龙，小火龙克制妙蛙种子，这一关系在初期与劲敌小茂的对战中尤为关键。
选择小火龙的玩家需优先应对岩石系道馆的劣势。尼比市道馆的小刚使用小拳石与大岩蛇，火系技能对其效果微弱，建议在常磐森林捕捉虫系宝可梦如绿毛虫（进化后的巴大蝴可习得催眠粉）或训练飞行系精灵应对。选择杰尼龟则能轻松攻克岩石道馆，但需注意后续华蓝市电系道馆的威胁。妙蛙种子凭借毒属性对早期草系与虫系野生宝可梦有压制力，但对抗飞行系与火系时需谨慎。初始精灵的性格与个体值虽不可控，但可通过早期存档反复重置以获取理想属性。
游戏初期资源有限，需合理分配经验值。建议将初始精灵作为核心培养至20级左右，再补充队伍成员。常磐森林的皮卡丘虽稀有但电系技能对水系道馆有奇效；月见山的皮皮与超音蝠可提供辅助与飞行系输出。初始精灵的配招应兼顾属性覆盖，例如喷火龙可学习火系与飞行系技能，水箭龟搭配冰系技能应对后期龙系敌人。早期技能机如挖洞与一字斩需分配给合适精灵以解决地形障碍。
中后期队伍需针对道馆与四天王调整。初始精灵的终极技能（如喷火龙的爆炸烈焰、水箭龟的水炮）在通关中作用显著，但需注意PP值与命中率。若选择小火龙，后期可搭配化石翼龙或闪电鸟补足打击面；妙蛙花队伍需加入火系或冰系成员应对钢与飞行系；水箭龟则需防范电系弱点，可搭配地面系精灵如三地鼠。游戏内隐藏道具如学习装置能加速二线成员成长，但需优先确保主力精灵强度。
初始精灵的潜力在满级后完全释放，但需注意部分传说宝可梦如急冻鸟与火焰鸟的捕获时机。技能机与秘传技的分配不可逆，建议存档后试验组合效果。游戏内NPC如正辉与富士老人提供的特殊道具可优化队伍配置，如宝可梦笛子用于唤醒卡比兽。通关后二周目内容对初始精灵依赖性降低，但合理的前期选择仍能显著降低游戏难度。
